早在二十世纪八十年代，北京十二中就建立了全国第一个中学心理教研室，在全国率先开设了心理课。多年来，心理教育作为学校的重点发展对象和教育品牌之一，在机制构建、课程建设、活动形式、特色发展等方面已初具模式。学校倡导“全员、全方位、全过程育人”的心理育人模式，在课题、课程、家校共育等心育成果累积和师资队伍建设方面卓有成效，在全市具有示范带动作用。学校因为出色的心育表现，于2017年被评为教育部心理健康教育特色示范校。